Действие игры происходит в условном настоящем времени, в Манхэттене, заражённом вирусом "BlackLight", превращающим население в мутантов.
Алекс Мерсер приходит в себя в морге корпорации "GENTEK", но не помнит ничего о своей прошлой жизни, кроме своего имени. Выйдя на улицу, Мерсер сталкивается с солдатами, которые пытаются его убить. Убежав от преследователей, главный герой попадает на улицы города, погружённого в хаос военных действий, развёрнутых военными силами США, при поддержке специального подразделения «Черная стража». Вскоре Мерсер обнаруживает, что он обладает способностью к поглощению всех, кого убивает вместе с их памятью и обликом, которые становятся частью его самого. Также, Алекс получил сверхчеловеческие способности, например огромную силу и способность к регенерации тканей и органов. Пользуясь этим Алекс пытается разобраться, что же произошло с ним и кто виновен в заражении целого города.